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海洋環(huán)境監(jiān)測的大部分內(nèi)容都是提前設(shè)計好的，所以每天的工作也往往是按部就班。不過在監(jiān)測標(biāo)準(zhǔn)當(dāng)中，也有一些應(yīng)急的預(yù)案，尤其是發(fā)生突發(fā)災(zāi)害的時候，就需要啟動應(yīng)急監(jiān)測的措施，這樣才能更好地觀察災(zāi)害的變化，也能更好地完成治理工作。

很多海洋災(zāi)害也都是在常規(guī)海洋環(huán)境監(jiān)測的過程的過程當(dāng)中發(fā)現(xiàn)的，比如在對海水水質(zhì)進(jìn)行觀測的時候，通過對海水當(dāng)中浮游生物含量的測定，就能預(yù)先發(fā)現(xiàn)赤潮的跡象，并且發(fā)出預(yù)警。而當(dāng)赤潮發(fā)生到一定規(guī)模之后，還需要安排更嚴(yán)密的監(jiān)測措施。比如通過出海的方式近距離取樣觀測，但要避免因為觀測活動本身對樣本造成破壞，在觀測船距離災(zāi)害發(fā)生點比較近的時候，應(yīng)該及時停止，并且采用更穩(wěn)妥的方式來取樣和檢測。

除了生態(tài)災(zāi)害之外，海洋環(huán)境檢測針對其他災(zāi)害也有應(yīng)急措施。比如偶爾會有貨輪在海上發(fā)生泄漏或者傾覆的情況，如果船上貨物為重污染的原油或者工業(yè)品，就會對海水的水質(zhì)以及海域的生態(tài)環(huán)境造成重大影響，也應(yīng)該及時進(jìn)行更嚴(yán)格的監(jiān)測。針對災(zāi)害的具體情況來制定相應(yīng)的檢測措施，比如檢測的選擇，檢測頻率的安排還有檢測方法的制定。尤其需要注意的就是取樣的環(huán)節(jié)，因為在海上取樣的時候，樣本可能會受到很多因素的影響，例如絞車和纜索，還有海水的擾動。需要根據(jù)經(jīng)驗進(jìn)行預(yù)估，盡量采用更安全的方式。如果存在容易隨時間發(fā)生變化的指標(biāo)，還需要盡快安排化驗。

海洋環(huán)境監(jiān)測所包含的內(nèi)容很多，尤其在多年的監(jiān)測經(jīng)驗當(dāng)中，也積累了很多應(yīng)急方面的經(jīng)驗。這樣在出現(xiàn)突發(fā)災(zāi)害的時候，也就能夠充分發(fā)揮監(jiān)測方面的能力，為救災(zāi)做出理論指導(dǎo)。